Struktura organizacyjna Służby Wywiadu Wojskowego została określona w nadanym przez Ministra Obrony Narodowej w 2008 r. statucie SWW, ostatnio zmienionym zarządzeniem MON z dnia 2 maja 2016r.

W skład Służby Wywiadu Wojskowego wchodzą następujące jednostki organizacyjne:

• Gabinet Szefa
• Departament I
• Departament II
• Departament III
• Departament IV
• Departament V
• Biuro Ochrony i Osłony
• Biuro Finansowo-Logistyczne
• Biuro Kadr
• Biuro Prawne
• Biuro Ewidencji i Archiwum
• Centrum Kształcenia 
• Samodzielny Audytor

Organizację wewnętrzną i szczegółowy zakres zadań jednostek organizacyjnych Służby Wywiadu Wojskowego określają regulaminy organizacyjne jednostek Służby Wywiadu Wojskowego.